Как исправить ошибку «Неожиданный токен ... для архитектуры x86_64» при запуске make-файла - PullRequest
Новая
       19

Как исправить ошибку «Неожиданный токен ... для архитектуры x86_64» при запуске make-файла

0 голосов
/ 23 марта 2019

Я пытаюсь установить HLA-LA на мой MacBookPro 2016 года (работает на Mojave 10.14.3), но у меня возникают проблемы при компиляции make-файла.Я установил все зависимости, добавил bamtools и пути повышения, как описано в README, и добавил CFLAGS для указания c ++ 11.Тем не менее, когда я запускаю make-файл, я получаю следующую ошибку: 

$ make all
/usr/local/Cellar/gcc/8.3.0/bin/g++-8  -I/usr/local/Cellar/boost/1.68.0_1/include -I/usr/local/Cellar/bamtools/2.5.1/include/bamtools -I/usr/local/Cellar/bamtools/2.5.1/src -std=c++11 -ggdb -O2 -fopenmp -std=gnu++0x -fstack-protector-all HLA-LA.cpp -c -o ../obj/HLA-LA.o;
/usr/local/Cellar/gcc/8.3.0/bin/g++-8  -I/usr/local/Cellar/boost/1.68.0_1/include -I/usr/local/Cellar/bamtools/2.5.1/include/bamtools -I/usr/local/Cellar/bamtools/2.5.1/src -std=c++11 -ggdb -O2 -fopenmp -std=gnu++0x -fstack-protector-all ../obj/Edge.o ../obj/Graph.o ../obj/GraphAndEdgeIndex.o ../obj/Node.o ../obj/HaplotypePanel.o ../obj/simpleGraphSimulator.o ../obj/LocusCodeAllocation.o ../obj/simulator.o ../obj/readSimulator.o ../obj/trueReadLevels.o ../obj/processBAM.o ../obj/protoSeeds.o ../obj/oneRead.o ../obj/oneReadPair.o ../obj/oneReadPairwithSeedChains.o ../obj/alignerBase.o ../obj/alignmentContext.o ../obj/extensionAligner.o ../obj/BWAmapper.o ../obj/Bowtie2mapper.o ../obj/statistics.o ../obj/VirtualNWUnique.o ../obj/PRGContigBAMAlignment.o ../obj/verboseSeedChain.o ../obj/HLATyper.o ../obj/pathFinder.o ../obj/linearALTs.o ../obj/oneExonPosition.o ../obj/seedChain.o ../obj/Utilities.o  ../obj/HLA-LA.o -o ../bin/HLA-LA -L/usr/local/Cellar/boost/1.68.0_1/lib -L/usr/local/Cellar/bamtools/2.5.1/lib64 -L/usr/local/Cellar/zlib/1.2.11/lib -lboost_random -lboost_filesystem -lboost_system  -lbamtools -lz -lboost_serialization;
collect2: fatal error: ld terminated with signal 11 [Segmentation fault: 11]
compilation terminated.
ld: unexpected token: !tapi-tbd-v3 file '/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/lib/libSystem.tbd' for architecture x86_64
make: *** [HLA-LA] Error 1

Я видел других людей с похожими ошибками, но рекомендуемые исправления не работали.Я также попытался указать CLT через путь: /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/lib/, но это никак не меняет результат.Я прочитал ветку, в которой говорилось, что это может быть ld проблема, но я не уверен, как я могу это исправить?Вот мои характеристики: 

macOS: 10.14.3-x86_64
CLT: 10.1.0.0.1.1539992718
Xcode: 10.1
...