Я пытаюсь использовать парсер fcs для некоторых файлов .fcs, хранящихся на флэш-накопителе (размер файла слишком велик для хранения на диске). Я получаю файлы, как это:
data_path_training = "/Volumes/PHILIPS UFD/Data/Training"
#data_path_training = "/Users/Mady/Downloads/data"
files_training = os.listdir(data_path_training)
data_path_validation = "/Volumes/PHILIPS UFD/Data/Validation"
files_validation = os.listdir(data_path_validation)
filesf = \
[ os.path.join(data_path_training, f) for f in files_training ] \
+ [ os.path.join(data_path_validation, f) for f in files_validation ]
files = []
for file in filesf: #Remove the ".DS_Store files present"
if file[-3:] == "fcs":
files.append(file)
Когда я печатаю список: print(files), все элементы заканчиваются на .fcs. Однако, когда я анализирую их с помощью fcs-анализатора в R, вот так:
%%R -i files -o data_fcs
library(dplyr)
library(doParallel)
library(foreach)
library(flowCore)
registerDoParallel(cores=4)
trans = arcsinhTransform(transformationId='arcsinhTransform',a=0,b=(1/5),c=0)
data_fcs <- foreach(file=files) %dopar% {
library(flowCore)
fcs = read.FCS(file)...more code in foreach below
Я получаю ошибку:
Error in { :
task 2 failed - "This does not seem to be a valid FCS2.0, FCS3.0 or FCS3.1 file"
Когда я скопировал некоторые файлы (например, 4) на диск и запустил ту же самую вещь, но изменил путь к этим файлам, код работал отлично.
В чем может быть причина? Спасибо!
Примечание: я использую Macbook Pro 2017 года с 4 ядрами Intel i5, ноутбук Jupyter