Пакет R не проходит devtools :: check, потому что «не удалось найти функцию», даже если функция импортирована в NAMESPACE - PullRequest
0 голосов
/ 08 июня 2019

Попытка собрать мой первый пакет R, используя roxygen2 и devtools.Я добавил функцию, которая использует %>% и mutate в разделе @examples.Когда я запускаю check(), он не работает, потому что не может найти функцию %>% или mutate.

На основе это , это и this Я пробовал следующее:

У меня есть #' importFrom magrittr %>% и #' importFrom dplyr mutate в файле .R функции.У меня также есть magrittr и dplyr под Imports: в файле DESCRIPTION.После запуска document() мой NAMESPACE файл содержит importFrom(dplyr,mutate) и importFrom(magrittr,"%>%").

минимальный R/test.R файл:

#' Conditional mutate
#'
#' \code{mutate_cond} mutates the \code{data.frame} only on the rows that
#' satisfy the condition.
#' 
#' @param .data \code{data.frame}
#' @param condition expression with the condition to be evaluated
#' @param ... arguments passed to \code{mutate}
#' @param envir environment inherited from \code{parent.frame()}
#'
#' @return \code{data.frame}
#' @importFrom dplyr mutate
#' @importFrom magrittr %>%
#'
#' @examples
#' data(iris)
#' iris %>%
#'    mutate(aux = 0) %>%
#'    mutate_cond(Petal.Length > 1.3,aux = 3)
#'
#' @export
mutate_cond <- function(.data, condition, ..., envir = parent.frame()) {
  condition <- eval(substitute(condition), .data, envir)
  .data[condition, ] <- .data[condition, ] %>% mutate(...)
  .data
}

минимальный DESCRIPTION файл:

Package: test
Version: 0.1
Date: 2019-06-07
Title: Functions
Description: Some functions I use.
Author: me
Maintainer: me <myemail@email.com>
Encoding: UTF-8
License: GPL-3
Imports: dplyr, magrittr

NAMESPACE, созданный с помощью document():

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(mutate_cond)
importFrom(dplyr,mutate)
importFrom(magrittr,"%>%")

Я ожидаю, что этот пример кода будет успешно выполнен и передаст check().Вместо этого я получаю это сообщение об ошибке:

❯ checking examples ... ERROR
  Running examples in ‘test-Ex.R’ failed
  The error most likely occurred in:

  > base::assign(".ptime", proc.time(), pos = "CheckExEnv")
  > ### Name: mutate_cond
  > ### Title: Conditional mutate
  > ### Aliases: mutate_cond
  > 
  > ### ** Examples
  > 
  > data(iris)
  > iris %>%
  +    mutate(aux = 0) %>%
  +    mutate_cond(Petal.Length > 1.3,aux = 3)
  Error in iris %>% mutate(aux = 0) %>% mutate_cond(Petal.Length > 1.3,  : 
    could not find function "%>%"
  Execution halted

1 error ✖ | 0 warnings ✔ | 0 notes ✔

Кроме того, если я добавлю require(dplyr) и require(magrittr) в раздел @examples, ошибка исчезнет или если я удалю весь раздел @examples, ошибкауходит.

Почему этот пакет не пройдет check()?

Спасибо!

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...