Я бы изменил IN для двух объединений, чем проще запрос, тем проще будет оптимизировать ядро.
DELETE from U
FROM Users U
left join SomeItems S1 on S1.SomeId = U.UserId
left join SomeOtherItems S2 on S2.SomeID2 = U.UserId
WHERE S1.SomeId is null and S2.SomeID2 is null
Проверка того, что S1.SomeID имеет значение null, означает, что U.UserId отсутствуетна некоторых предметах.То же самое для SomeOtherItems.
Убедитесь, что у вас есть индексы для SomeId и SomeID2 для SomeItems и SomeOtherItems.