Интеграция управления версиями IntelliJ IDEA работает с корнями, настроенными вами в Параметры VCS .
По умолчанию корень проекта совпадает с корнем VCS.
Если ваши исходные файлы находятся в другом месте, вам нужно добавить больше корней VCS в настройках IDE.
Дважды проверьте, правильно ли открыт проект, содержащий измененные файлы, а корни VCS в IDE включаюткорни контента для модулей, с которыми вы работаете.