Sql express имеет больше возможностей и намного мощнее, но будет работать только на окнах. Если вам когда-либо понадобится масштабировать, Sql express можно легко переключить на коммерческий вариант.
MySql не поддерживает половину функций, но имеет большинство базовых функций, которые вам действительно нужны, и будет работать на окнах или * nix. Он также не регулируется так же, как Sql express.
По моему мнению (используя оба, но не затрагивал MySql в течение нескольких лет), Sql express - намного лучшая система БД. Если вы создаете .Net приложения, поддержка Linq является решающим аргументом.
Если вы не собираетесь поддерживать только чистый Sql-сервер, я бы не стал использовать исключительно поддержку MySql. Используйте шаблон проектирования DBFactory для загрузки слоя данных или используйте простой синтаксис SQL: 92, который является наименьшим общим знаменателем.