Нет правильного или неправильного ответа на этот вопрос. Я обычно называю это:
$active_sites = $this->Site->find('all',array('conditions'=>array('Site.active' => '1'), 'recursive' => -1));
$this->controller->set('active_sites', $active_sites);
Я думаю, что все в порядке, но ваш пример показал, что переменные в представлении и контроллере не совпадают. Этого можно избежать, приняв $ active_sites или $ activeSites повсюду.
(На самом деле через некоторое время я начинаю везде использовать подчеркивание.)