BizTalk 2000/2002 полностью отличается от BizTalk 2004 (и далее). Базовая архитектура и концепции совершенно разные. Несмотря на то, что Microsoft предоставила некоторые инструменты для миграции проектов 2000/2002 на 2004 год, я не думаю, что они эффективны. Вы можете потерять много времени на преобразование, я бы предпочел воспользоваться этой возможностью, чтобы перестроить решение (я знаю, что во многих случаях это невозможно) Но если ваша организация думает о миграции, лучше подойдет реархитектура.