prometheus_tsdb_head_series
охватывает все серии, которые существовали в последние 1-3 часа, count({__name__=~".+"})
охватывает серии, которые не устарели в течение последних 5 минут.
Учитывая этот конфиг, я бы предположил, что эти другие серии были до того, как вы добавили metric_relabel_configs
.