У меня есть список из> 1000 значений.dput (head (list)):
list("WP100", "WP106", "WP107", "WP111", "WP117", "WP12")
Функция getXrefList из пакета rWikiPathways создает новый список связанных генов для каждого значения WP.
input: (параметр H дает гены в формате внешнего гена)
library(rWikiPathways)
getXrefList(list[[1]], 'H')
output:
[1] "ANPEP" "G6PD" "GCLC" "GCLM" "GGT1" "GGT5" "GPX1" "GPX2" "GPX3" "GPX4" "GSR" "GSS" "GSTA1"
[14] "GSTA5" "GSTM1" "GSTM2" "GSTT2" "IDH1" "OPLAH"
Я хотел бы превратить исходный список в списоксписков.Значение WP, являющееся значениями ith, а значение j, являющееся результирующим списком генов из функции getXrefList.
Текущий прогресс:
new_list <- lapply(list, function(x){getXrefList(x, 'H')})
new_list[[1]]
вывод:
"ANPEP" "G6PD" "GCLC" "GCLM" "GGT1" "GGT5" "GPX1" "GPX2" "GPX3" "GPX4" "GSR" "GSS" "GSTA1" "GSTA5" "GSTM1" "GSTM2" "GSTT2" "IDH1" "OPLAH"
Когда идеальный результат будет выглядеть примерно так:
List
WP100
"ANPEP" "G6PD" "GCLC" "GCLM" "GGT1" "GGT5" "GPX1" "GPX2" "GPX3" "GPX4" "GSR" "GSS" "GSTA1" "GSTA5" "GSTM1" "GSTM2" "GSTT2" "IDH1" "OPLAH"
WP106
"ABAT" "AGXT" "ASL" "ASPA" "ASS1" "DARS" "GAD1" "GAD2" "GOT1" "GOT2" "GPT" "PC"
И так далее.Любая помощь будет оценена.
Решено.Легко исправить.
names(new_list) <- list