Это зависит от того, насколько настроен каждый экземпляр - если есть изменения кода, то я бы рекомендовал использовать SCM, такой как git. Вы можете хранить каждую настроенную версию в отдельной ветви и развертывать их как отдельные экземпляры. Если у вас есть изменения, которые необходимо включить во многие сайты, вы можете выбрать их для всех ветвей.
Я использовал этот метод для развертывания набора из 18 сайтов, которые использовали общую кодовую базу, и он работает.