Да, удаление функций с помощью stop_words является наилучшим способом сохранения согласованности результатов.Вы также можете выполнить обход и удалить данные вручную, но это будет то же самое, что удалить их с помощью stop_words.Чтобы добавить элементы к stop_word в sklearn, сделайте это.
from sklearn.feature_extraction import text
stop_words = text.ENGLISH_STOP_WORDS.union(additional_stop_words)