Вы не можете быть на вашей стороне. Индекс должен быть добавлен только к локальному объекту. Вы также не можете использовать индексированное представление.
Вы можете попросить другую сторону добавить индекс для вас в свою таблицу ...
Edit:
Расширяя ответ Джона ... Вы можете попробовать:
SELECT * FROM OPENQUERY(LinkedServer, 'CREATE INDEX etc;SELECT 0 AS foobar')