Если у вас есть слова, хранящиеся со значением Юникода, вместо правильного умлаута, это означает, что у вас нет кодировки файла в UTF-8.
В начале XML у вас должно быть что-то вроде:
<?xml version="1.0" encoding="XXXX"?>
Просто убедитесь, что XXXX - это UTF-8 вместо Windows-1252 или ISO-8859-1, и вы сможете сохранить файл с помощью умляутов и, конечно же, искать слова, содержащие их.
Кроме того, перейдите к своим предпочтениям в Eclipse и установите для Кодировка текстового файла значение UTF-8 (по умолчанию установлено в Cp1252).