Проблема при объединении новых данных с каждым элементом фрейма списка - PullRequest
Новая
       39

Проблема при объединении новых данных с каждым элементом фрейма списка

2 голосов
/ 04 апреля 2019

У меня возникают трудности при использовании цикла for для добавления новых данных к каждому элементу фрейма данных списка.

Если у меня есть список из двух фреймов данных (filelist), и я хочу «dplyr :: left_join» или «объединить» каждый фрейм данных в списке с другими данными из одного фрейма данных, он, похоже, не появляется в списке позже. Однако, если я использую одни и те же команды пошагово и отдельно для каждого элемента фрейма данных в списке, я получаю те же предупреждения (из-за отсутствия уровней факторов), но желаемый результат. Например:

некоторые кадры данных 

df1 <- data.frame(x = 1:3, y=letters[1:3])
df2 <- data.frame(x = 1:5, y=letters[1:5])

# make list of dataframes
filelist <- list(df1,df2)

# new data frame to add to the data frames in the list by indexing "y"
df3 <- data.frame(animal = c(rep("snake", 7)), y=letters[1:7], geno = c("aa", "ab", "ac", "aa", "ac", "ab", "ae"))

# merge df3 into both data frames in the filelist
for (i in 1:length(filelist)) {dplyr::left_join(filelist[[i]], df3, by = "y")}

## Gives the following warning because some factor levels are missing between datasets
Warning message:
Column `y` joining factors with different levels, coercing to character vector

возвращенный результат совпадает с исходным списком файлов 

> filelist
[[1]]
  x y
1 1 a
2 2 b
3 3 c

[[2]]
  x y
1 1 a
2 2 b
3 3 c
4 4 d
5 5 e

Ожидаемый результат (выполняется путем объединения каждого элемента списка отдельно, а затем создания нового списка) 

new1 <- dplyr::left_join(filelist[[1]], df3, by = "y")
new2 <- dplyr::left_join(filelist[[2]], df3, by = "y")
newlist <-(new1,new2)
> newlist
[[1]]
  x y animal geno
1 1 a  snake   aa
2 2 b  snake   ab
3 3 c  snake   ac

[[2]]
  x y animal geno
1 1 a  snake   aa
2 2 b  snake   ab
3 3 c  snake   ac
4 4 d  snake   aa
5 5 e  snake   ac

Каков наилучший способ сделать это, не вынимая каждый фрейм данных из исходного списка, добавляя новые данные, а затем создавая новый список?

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 04 апреля 2019

Как сказано в предупреждающем сообщении, факторы имеют разные уровни.

Вы можете преобразовать факторы в символы для каждого кадра данных, как указано ниже dplyr: 

df %>% mutate_if(is.factor, as.character) -> df

Или гомогенизировать уровни факторовпеременной y: 

for (i in 1:length(filelist)) {
  x = factor(unique(c(levels(filelist[[i]]$y),levels(df3$y))))
  levels(filelist[[i]]$y) = x
  levels(df3$y) = x
  filelist[[i]] = dplyr::left_join(filelist[[i]], df3, by = "y")
}
0 голосов
/ 04 апреля 2019

Я бы использовал функцию map из пакета purrr, которая, как dplyr, является частью тидиверса: 

library(tidyverse)
library(purrr) # loaded when you call tidyverse, but doing it explicitly here

map(filelist, left_join, df3)

[[1]]
  x y animal geno
1 1 a  snake   aa
2 2 b  snake   ab
3 3 c  snake   ac

[[2]]
  x y animal geno
1 1 a  snake   aa
2 2 b  snake   ab
3 3 c  snake   ac
4 4 d  snake   aa
5 5 e  snake   ac

Warning messages:
1: Column `y` joining factors with different levels, coercing to character vector 
2: Column `y` joining factors with different levels, coercing to character vector
...