Я предполагаю, что ваш .htaccess находится на том же уровне, что и каталог beta2.0.
root
+---.htaccess
+--- beta2.0/
+---user.php
Поместите следующее в .htaccess
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule beta2\.0/user/([0-9]+) "/beta2.0/user.php?user_id=$1"