Это поведение вызвано ошибочным использованием циклов и сканирований.Одно из правильных решений также включает в себя лямбда-выражения java 8 с предположением, что разделителем целых чисел в файле является пробел (""):
Path path = Paths.get("your path");
try{
Files.lines(path)
.map( line -> line.split(" "))
.mapToInt( numbers -> Arrays.stream(numbers)
.reduce(0 , (sum, num) -> sum + Integer.parseInt(num), (first, second) -> first + second ))
.forEachOrdered(System.out::println);
} catch (IOException e){
e.printStackTrace();
}