В вашем php.ini добавьте это
session.gc_probability = 1
session.gc_divisor = 1000
session.gc_maxlifetime = 1440
Также в своем файле конфигурации codeigniter проверьте, что вы включили регенерат_destroy и истечение срока действия.
$config['sess_driver'] = 'files';
$config['sess_cookie_name'] = ‘mysession';
$config['sess_expiration'] = (60 * 60);
$config['sess_save_path'] = FCPATH . "sessions";
$config['sess_match_ip'] = FALSE;
$config['sess_time_to_update'] = 300;
$config['sess_regenerate_destroy'] = TRUE;
В основном gc_probability по умолчанию установлено в 0, и эти файлы не могут быть удалены. Поэтому изменилось на 1, чтобы автоматически удалять файлы.