Проблема с вашим кодом в том, что у вас есть та же модель ng для каждого входа в вашем ng-repeat , поэтому выполучить значение по умолчанию 12 в каждом комментарии.
Попробуйте выполнить следующее:
<div ng-repeat="x in data">
<div>
<form name="userform" ng-submit="submitForm()">
<input type="text" name="reply" ng-init="x.user.reply=1" ng-model="x.user.reply"/>
<input type="text" name="parentid" ng-init="x.user.parentid= x.id " ng-model="x.user.parentid"/>
<textarea name="comment" rows="4" ng-model="x.user.comment"></textarea>
<input type="submit" name="submit" value="Reply"/>
</form>
</div>
</div>
Демо