Чтобы иметь классы, сгенерированные в среде IDE, вам необходимо настроить их.
Подробнее об интеграции Eclipse для MapStruct можно узнать здесь .
В двух словах, вам нужно установить плагин m2e-apt для Eclipse, который автоматически подхватывает и применяет настройки процессора аннотаций.
Вам также необходимо добавить следующее в <properties>
в вашем pom.xml
<!-- automatically run annotation processors within the incremental compilation -->
<m2e.apt.activation>jdt_apt</m2e.apt.activation>