Проблема с запросом графа с помощью SPARQL на Bioportal - PullRequest
Новая
       10

Проблема с запросом графа с помощью SPARQL на Bioportal

1 голос
/ 22 июня 2019

Я запрашиваю онтологию на конечной точке Биопортала .Онтология (NIF) хранится в виде графа, поэтому я поместил его в предложение FROM в соответствии с указанием конечной точки.

SELECT DISTINCT ?p
FROM <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NIF>
WHERE{ 
   ?p a rdf:Property
}
limit 100

Однако, как видно из приведенного ниже, результаты возвращаются, показывая несколько свойств, связанных с NIF и другими, с другой онтологией, называемой SKOS (Простая система организации знаний).enter image description here

В документации Bioportal говорится, что он сопоставляет некоторые свойства со свойствами SKOS, поэтому я подумал, что, возможно, результаты в порядке.

Однако мне пришлось проверить, правильно ли я запрашиваю график.Поэтому я использовал приведенный ниже код для подсчета количества узлов, так как я знаю, что NIF насчитывает около 3,6 миллиона троек!

SELECT (count (*) as ?nodes)
FROM <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NIF>
WHERE{ 
   ?s ?p ?o
}

В результате было получено 7984 узла с предложением FROM и без него!Так что я догадался, что я должен использовать «count» неправильно!

Поэтому мне интересно, как мне убедиться, что я просто запрашиваю онтологию NIF.Кроме того, как подсчитать его узлы?

Спасибо:)

1 Ответ

0 голосов
/ 24 июня 2019

Попробуйте использовать СЕРВИС ключевое слово. 

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT (count (*) as ?nodes)
WHERE
{ 
   SERVICE <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NIF>
   {
      ?s ?p ?o
   }
}

Если это не помогло, возможно, подключаемая вами служба неверна или не работает. Попробуйте ниже пример, который подключается к DBpedia: 

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT (count (*) as ?nodes)
WHERE
{ 
   SERVICE <http://DBpedia.org/sparql>
   {
      ?s ?p ?o
   }
}

Между прочим, я не могу получить доступ к URL http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NIF. Кажется, недоступен или недоступен.

...