Вы сталкиваетесь с проблемами при объединении sqlite вместе с электроном. Сборщик электронов позволит вам создавать электроны для архитектуры вашей платформы, но также придется перестраивать для других систем, пытающихся запустить его. После того, как вы установили electronic-rebuild через npm, вы можете добавить следующий скрипт в свой package.json.
"rebuild": "electron-rebuild -f -w sqlite3"
затем запустите:
npm run rebuild
Вы можете столкнуться с некоторыми дополнительными ошибками для зависимостей, как я делал в Windows, нуждающейся в средствах сборки Visual Studio и Python 2.
Вот видеоурок, который я нашел по этой теме: https://www.youtube.com/watch?v=c76FTxLRwAw&
В зависимости от ваших потребностей, вместо использования sqlite напрямую с электронным способом, альтернативным вариантом может быть использование отдельного сервера nodejs для доступа к вашей базе данных, что, как я обнаружил, не вызывает головной боли.