Вычисление Вассерштейна расстояния между диаграммами постоянства - PullRequest
Новая
       9

Вычисление Вассерштейна расстояния между диаграммами постоянства

0 голосов
/ 09 июня 2019

Я пытаюсь вычислить расстояние Вассерштейна между двумя диаграммами постоянства, сгенерированными через библиотеку Python Ripser. Я нашел две интересные функции в Persim: sliced_wasserstein и wasserstein_matching.

Генерация моей диаграммы выглядит так: 

    data = json.loads(data)
    data = pd.DataFrame.from_dict(data)
    rips = Rips()
    dgms = rips.fit_transform(data)
    for i in dgms:
        print(type(i))
        i.tofile(directory+"diagram.txt")
    plot_diagrams(dgms, show=False)
    plt.savefig("persistence_diagram.png")
    plt.close()

'dgms' - это список, который содержит пустые массивы, поэтому я вывожу их в своей строке 'for'.

Использование моей функции Вассерштейна выглядит следующим образом: 

with open(loc) as f:
    img1 = np.fromfile(f)
    f.close()
with open(loc2) as f:
    img2 = np.fromfile(f)
    f.close()
persim.sliced_wasserstein(img1, img2)

Я пытался передать wasserstein_matching три вида данных (диаграмма в .png, список dgms и np.array), но все, что я постоянно получаю, это ошибка «IndexError: слишком много индексов для массива». Поэтому я переключился на sliced_wasserstein, где я получаю такую ​​ошибку: 

Traceback (most recent call last):
  File "C:/Users/Patka/PycharmProjects/MGR/Mapper.py", line 26, in <module>
    persim.sliced_wasserstein(img1, img2)
  File "C:\Users\Patka\environmentpython\lib\site-packages\persim\sliced_wasserstein.py", line 53, in sliced_wasserstein
    sw += step * cityblock(sorted(V1), sorted(V2))
ValueError: The truth value of an array with more than one element is ambiguous. Use a.any() or a.all()

Одна странная вещь для меня заключается в том, что когда я печатаю i.shape перед сохранением в файл, я получаю два измерения, например (12,2), но когда я читаю из того же файла с помощью numpy.fromfile (), я получаю кортеж (12,).

У кого-нибудь есть лекарство от этого? Моя конечная цель - вычислить расстояния для множества диаграмм и сгруппировать их, но я застрял при сравнении двух ...

...