Я не думаю, что есть возможность сделать это автоматически для всех проектов. Вы должны вручную установить пути включения, пути к библиотекам и флаги ссылок для каждой цели.
Одна вещь, которая может сработать, это установить стандартные переменные GCC, например, CFLAGS, CXXFLAGS, LDFLAGS, которые вы можете установить в /etc/profile
или ~/.bash_profile