Попробуйте этот код, он будет работать
import boto3
s3 = boto3.resource('s3')
copy_source = {
'Bucket': 'source_bucket',
'Key': 'dirname/subdirname/filename.gz'
}
s3.meta.client.copy(copy_source,Bucket='destination_bucket',Key='somedirname/new_or_same_filename.gz')
Это работает. Я думаю, вы не правильно указали путь, значит, здесь вам нужно указать полный путь к файлу