Если вы кодируете в Java, всегда используйте косую черту (/) для путей. Это будет работать в Windows, Linux и т. Д. Это не зависит от ОС.
Ваши пути, работающие только в Windows, вероятно, означают, что вы использовали (), который специфичен для Windows.
Обратите внимание, что сама Windows требует () для путей в целом, но Java кодируется для правильной интерпретации (/) независимо от базовой ОС.