Учитывая, что изображение представляет собой простой логотип (в отличие от фотографии, например), вы, вероятно, можете использовать логическую индексацию, чтобы изменить все черные пиксели, добавленные путем imrotate, на белые пиксели.
У меня нет набора инструментов для обработки изображений, поэтому я не могу запустить ваш код, но приведенный ниже пример должен проиллюстрировать:
%Load RBG image to test on
RI = imread('peppers.png');
%Create black region to remove
RI(100:150,100:150,:) = 0;
figure()
imshow(RI)
title('Original Image')
%Replace all black pixels with white
inds = sum(RI,3)==0;
RI_new = RI;
RI_new(repmat(inds,1,1,3))=255;
figure()
imshow(RI_new)
title('New Image')
По сравнению с ответом @SardarUsama, это слабость, заключающаяся в том, что в исходном изображении нет черных пикселей, а есть преимущество использования только встроенных функций Matlab.
Редактировать: Обновлено, чтобы показать пример на изображении RGB, а не в оттенках серого