Flask-JWT не имеет такого большого количества функций, сделал несколько глупых дизайнерских решений, и его многие годы оставляли без внимания (посмотрите, сколько запросов open pull существует на странице github). Flask-JWT-Extended имеет больше функций, лучше документирован и все еще активно поддерживается. Если вы ищете расширение JWT для колбы, вы должны обязательно использовать Flask-JWT-Extended поверх Flask-JWT.