После 4 часов поиска я наконец нашел ответ.В моей папке C:\User\AppData\Roaming\jupyter\kernels\ir\
есть файл с именем kernel.json
Этот файл работает с определенной версией R.Теперь файл выглядит так:
{
"argv": ["C:/Program Files/R/R-3.6.0/bin/R.exe", "--slave", "-e", "IRkernel::main()", "--args", "{connection_file}"],
"display_name": "R",
"language": "R"
}
Исходная версия этого файла имела относительный путь к версии 3.4.4..
После нахождения ответственного файла в папке Jupyter я заключаю, что Jupyter вызывает R - что, к сожалению, неудивительно, потому что Hydrogen запускает Jupyter Notebook, но для меня это был шаг вперед в систему иЯ не смог найти никаких настроек в Atom.