На Android это будет FieldPath.documentId()
:
FirebaseFirestore.getInstance().collection("users").whereEqualTo(FieldPath.documentId(), user_id).whereEqualTo("deleted", false)
См. Справочную документацию Firebase .Я настоятельно рекомендую держать (справочную) документацию под рукой, поскольку это довольно буквальный перевод кода JavaScript в вопросах, на которые вы ссылаетесь.