Не ясно, какое количество вам нужно, ваш запрос фактически получает лекарства с обеими мутациями ...
Если вы хотите, чтобы количество вашего запроса использовалось подзапросом
SELECT COUNT(1)
FROM
(
SELECT
med.Name AS medicine
FROM
Mutations mut
INNER JOIN
Medications med ON med.MemberId = mut.MemberId
WHERE
mut.Mutation IN ('mut1','mut2')
GROUP BY
med.Name
HAVING
COUNT(DISTINCT mut.Mutation) = 2
) Q
Если вы хотите разделить счетчики Mut1 и mut2, используйте вариант
SELECT
med.Name AS medicine,
COUNT(CASE Mutation WHEN 'Mut1' THEN 1 END) AS CountMut1
COUNT(CASE Mutation WHEN 'Mut2' THEN 1 END) AS CountMut2
FROM
Mutations mut
INNER JOIN
Medications med ON med.MemberId = mut.MemberId
WHERE
mut.Mutation IN ('mut1','mut2')
GROUP BY
med.Name
HAVING
COUNT(DISTINCT mut.Mutation) = 2