Это должно делать то, что вы хотите ( т.е. , используя массив 3x3 и массив 4x4 для представления двух массивов в OP)
>>> import numpy as NP
>>> a = NP.random.randint(0, 10, 9).reshape(3, 3)
>>> a
>>> array([[1, 2, 2],
[7, 0, 7],
[0, 3, 0]])
>>> b = NP.zeros((4, 4))
отображение a на b:
>>> b[:3,:3] = a
>>> b
array([[ 1., 2., 2., 0.],
[ 7., 0., 7., 0.],
[ 0., 3., 0., 0.],
[ 0., 0., 0., 0.]])