GitHub, скорее всего, использует специальную модифицированную версию Git с множеством специальных GitHub-специфических настроек, поэтому у них вполне может быть свой собственный флаг, который похож на --bare
только более интересный. Но, кроме этого, да: репозитории на GitHub - это, по сути, --bare
репозитории.