Разбиение строки в список целых чисел с помощью Python

Question

Этот метод вводит файл и каталог файла.Он содержит матрицу данных и должен копировать первые 20 столбцов каждой строки после заданного имени строки и соответствующей буквы для строки.Первые 3 строки каждого файла пропускаются, поскольку в нем содержится неважная информация, которая не нужна, а также не требуются данные в нижней части файла.

Например, файл будет выглядеть следующим образом:

unimportant information--------
 unimportant information--------
 -blank line
1 F -1 2 -3 4 5 6 7 (more columns of ints)
2 L 3 -1 3 4 0 -2 1 (more columns of ints)
3 A 3 -1 3 6 0 -2 5 (more columns of ints)
-blank line
unimportant information--------
unimportant information--------

Выходные данные метода должны распечатать "матрицу" в некоторой заданной форме.

Пока чтоВыходные данные дают список каждой строки в виде строки, однако я пытаюсь найти лучший способ решения проблемы.Я не знаю, как игнорировать неважную информацию в конце файлов.Я не знаю, как получить только первые 20 столбцов после буквы в каждой строке, и я не знаю, как игнорировать номер строки и букву строки.

def pssmMatrix(self,ipFileName,directory):
    dir = directory
    filename = ipFileName
    my_lst = []

    #takes every file in fasta folder and put in files list
    for f in os.listdir(dir):
        #splits the file name into file name and its extension
        file, file_ext = os.path.splitext(f)

        if file == ipFileName:
            with open(os.path.join(dir,f)) as file_object:

                for _ in range(3):
                    next(file_object)
                for line in file_object:
                        my_lst.append(' '.join(line.strip().split()))
    return my_lst

Ожидаемые результаты:

['-1 2 -3 4 5 6 7'], ['3 -1 3 4 0 -2 1'], ['3 -1 3 6 0 -2 5']

Фактические результаты:

['1 F -1 2 -3 4 5 6 7'], ['2 L 3 -1 3 4 0 -2 1'], ['3 A 3 -1 3 6 0 -2 5'],  [' '], [' unimportant info'], ['unimportant info']  

Answer 1

Чтобы удалить первые два столбца, вы можете изменить:

my_lst.append(' '.join(line.strip().split()))

на

my_lst.append(' '.join(line.strip().split()[2:]))

То, что будет отброшено первоедва столбца после того, как они были разделены и до того, как они были объединены обратно.

Чтобы отбросить последние 3 несущественные строки, возможно, самое простое решение - просто изменить:

return my_lst

до

return my_lst[:-3]

Это вернет все, кроме последних 3 строк.

Answer 2

Хорошо, мне кажется, у вас есть файл с определенными строками, которые вы хотите, и строки, которые вы хотите, всегда начинаются с цифры, за которой следует буква. Поэтому мы можем применить к этому регулярное выражение, которое получает только строки, соответствующие этому шаблону, и получает только цифры после шаблона

Выражение для этого будет выглядеть как (?<=[0-9]\s[A-Z]\s)[0-9\-\s]+

import re

reg = re.compile(r'(?<=[0-9]\s[A-Z]\s)[0-9\-\s]+')

for line in file:
    if reg.search(line):
        result = reg.search(test).group(0)
        # Use Result
        my_lst.append(' '.join(result))

Надеюсь, что поможет

Answer 3

Попробуйте это решение.

    import re
    reg = re.compile(r'(?<=[0-9]\s[A-Z]\s)[0-9\-\s]+')

    text = """
    unimportant information--------

    unimportant information--------
    -blank line

    1 F -1 2 -3 4 5 6 7 (more columns of ints)

    2 L 3 -1 3 4 0 -2 1 (more columns of ints)

    3 A 3 -1 3 6 0 -2 5 (more columns of ints)"""

    ignore_start = 5  # 0,1,2,3 =  4
    expected_array = []
    for index, line in enumerate(text.splitlines()):
    if(index >= ignore_start):
            if reg.search(line):
            result = reg.search(line).group(0).strip()
            # Use Result
            expected_array.append(' '.join(result))

    print(expected_array)
    # Result: [
    #'- 1   2   - 3   4   5   6   7', 
    #'3   - 1   3   4   0   - 2   1', 
    #'3   - 1   3   6   0   - 2   5'
    #]