Вы перезаписываете значение c
при каждой итерации, поэтому вы сохраняете только последнее значение.Попробуйте сохранить флажки в списке, а затем выполнить итерацию по этому списку.
class Items(Daily):
def __init__(self):
super().__init__()
self.appD=Frame(self.root, padx=20, pady=20)
self.appD.grid(row=0, column=0)
self.itemsAl()
def itemsAl(self):
items=['item1', 'item2', 'item3']
variable=IntVar()
check_boxes={item: IntVar() for item in items}
label_Lbl=Label(self.appD, text='label', )
label_Lbl.grid(row=0, column=0, sticky=W)
cboxes = [
Checkbutton(self.appD, text=item, variable=item) for item in items
]
for r, c in enumerate(cboxes, 1)
c.grid(row=r, column=0, sticky=W)
button_Done=Button(self.appD, text='Done')
button_Done.grid(row=4, column=0, sticky=W)
self.root.mainloop()