Проведя некоторые исследования, лучшее решение, которое я нашел в конце, могло бы обрабатывать все форматы файлов, которые нам требовались для преобразования, плюс, которое работало в Linux и Windows, было красиво изящным легковесным скриптом Python под названием PyODConverter. При этом используется OpenOffice (который сам работает в режиме сервера) для выполнения реальных преобразований, и он действительно прекрасно работает. Я использовал отдельный инструмент PDFTK для конкатенации PDF, поскольку обнаружил, что ImageMagick теряет много информации (и создает файлы огромных размеров).
Если вы обнаружите, что PyODConverter слишком ограничен, есть еще более мощный вариант, написанный тем же парнем под названием JODConverter.