Звучит так, будто вы встраиваете настройки конфигурации приложения где-то, чего не должно быть.
Решение состоит в том, чтобы переместить эти параметры конфигурации во внешний файл конфигурации и динамически загрузить их во время выполнения. Внешний файл конфигурации не будет являться частью подписанной сборки и, следовательно, не разрушит ваш подписанный дистрибутив.
Стоит отметить, что .NET System.Configuration классы не очень хорошо работают со сборками и особенно плохо для сборок VSTO (см. Несколько проблем, описанных здесь на SO: 594298 ). Поэтому я бы порекомендовал вам либо свернуть свой собственный класс конфигурации, либо внимательно прочитать метод ConfigurationManager.OpenMapperExeConfiguration , чтобы переопределить целевой файл конфигурации.
Кроме того, если вы в настоящее время используете ClickOnce, этот проект звучит так, как будто он лучше подходит для развертывания с помощью пакета установщика Windows .