вы можете сделать трюк, добавив логический дополнительный в вашем намерении из уведомления:
notificationIntent.putExtra("isFromNotification",true);
теперь, когда вы занимаетесь вторым делом:
boolean isFromNotification = getIntent().getBooleanExtra("isFromNotification",false);
и теперь вы можете узнать, из уведомления это или нет