Вам нужно закрыть или сбросить после записи, поэтому, когда закончите писать файл, наберите MainfileWriter.close();
.
Или вы можете использовать try-with-resources
, который автоматически закроет файл.
try (FileWriter MainfileWriter = new FileWriter(mainTableCSV, true)) {
MainfileWriter.append(MAIN_FILE_HEADER.toString());
MainfileWriter.append(NEW_LINE_SEPARATOR);
MainfileWriter.append("test");
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}