То есть ваша IDE занимается жалобами? Сказать, что isClicked не существует? А сам код работает нормально?
Просто нужно сделать несколько типов приведения. IDE знает, что $ form-> get вернет FormInterface. Но, к сожалению, у FormInterface нет метода isClicked. Вам нужно сообщить IDE, что вы ожидаете, что будет возвращен интерактивный объект.
$form->handleRequest($request);
/** @var ClickableInterface $button */
$button = $form->get("submit");
$button->isClicked();
Довольно странно, что такого никогда не было. Возможно, где-то была небольшая подстройка кода.