У меня тоже есть эта проблема. Я использую планшет Wacom с мышью. NetBeans не принимает во внимание предпочтения ОС. Я также использую Netbeans на рабочей станции Ubuntu без проблем.
К сожалению, переход на Snow Leopard для меня не вариант, так как у меня есть G4. Я уверен, что эта проблема возникла недавно - возможно, последнее обновление - я регулярно, если не часто, использую Netbeans на своем Mac, и если бы это было проблемой до того, как я использовал бы TextMate или что-то подобное.