Я предполагаю, что вы пытаетесь получить каталог, в котором находится ваш файл .exe, а не текущий каталог. Этот каталог может отличаться от текущего каталога.
TCHAR buff[MAX_PATH];
memset(buff, 0, MAX_PATH);
::GetModuleFileName(NULL,buff,sizeof(buff));
CString strFolder = buff;
strFolder = strFolder.Left(strFolder.ReverseFind(_T('\\'))+1);