np.delete
хочет удалить фрагмент или массив индексов. Вы также не дадите его, если только по счастливой случайности Xt
не удержит эти индексы.
Один из вариантов - использовать numpy.s_
для получения нужного фрагмента объекта. Что-то вроде:
import numpy as np
X = np.ones([81, 9, 3072])
sl = np.s_[56:62]
Xt = X[sl]
X1=np.delete(X,sl,axis=0)
print(Xt.shape)
#(6, 9, 3072)
print(X1.shape)
#(75, 9, 3072)