Поскольку вы, кажется, знаете, как читать и записывать в файлы, я оставляю вам простой код, чтобы получить последнее слово каждой строки в строке.Просто базовый раскол здесь:
String input1 = "x n o n\ny n n o\nz n n n";
String input2 = "n, n, n, B-S\nn, o, o, I-S\nn, n, n, S";
String[] input1Lines = input1.split("\n");
String[] input2Lines = input2.split("\n");
String result = "";
for(int i=0; i<input2Lines.length; i++) {
String[] words = input2Lines[i].split(", ");
String lastWord = words[words.length-1];
result += input1Lines[i] + " " + lastWord + "\n";
}
System.out.println(result);