Python's str.strip([chars]) удалит начальное и конечное значение chars, но остановится, как только достигнет символа, не входящего в chars.
Похоже, что link заканчиваетсясимвол новой строки, и зачистка останавливается, даже не достигнув двойной кавычки.(Подсказка: print добавляет только одну новую строку, и в вашем выводе у вас есть две.)
Чтобы удалить двойные кавычки и символы новой строки:
link1 = link.strip('"\n')
Также стоит упомянуть (как@glibdud отмечает в комментариях), причина, по которой ссылки заканчивались символом новой строки, заключалась в том, что файловый итератор не удаляет символы новой строки, равно как и выражение sub (поскольку . не включает символ новой строки; чтобы включить его, добавьте re.DOTALL флаг регулярного выражения).