В настоящее время Neo4j поддерживает только одну активную базу данных.
Вы создаете узлы и связи в одной базе данных (активная база данных на момент создания), а затем изменяете активную базу данных.в другую базу данных.
Когда вы изменяете активную базу данных, то, если база данных уже существует, Neo4j запускает ее с предыдущими данными, иначе она создает новую пустую базу данных.
Выправильно, вы не должны менять активную базу данных.