Даже если нет функции GLSL, которая может дать вам счетчик сэмплов, так как вы знаете его на стороне клиента, вы можете просто передать его как униформу шейдеру.
По второму вопросу - согласно Wiki :
При доступе к многосэмплированным текстурам функция доступа имеет
другой параметр, int, который определяет индекс выборки для чтения из
или напишите.
Так что да, использование перегрузки loadImage(Image2DMS img, ivec2 P, int sample)
должно "просто работать" с sample = 0,1,2, ... до количества выборок в изображении.