при запуске с повышенными разрешениями, он cd
до C:\WINDOWS\system32
, поэтому вам нужно cd
ранее в вашем скрипте
@echo off
cd C:\path\where\you\want\to\create\your\file
@echo test> text.txt
вы также можете сделать это, если хотите, чтобы файл создавался в папке, в которой находится пакет
@echo off
cd %~dp0
@echo test> text.txt