Спасибо Штейну Осмулу за его ссылку на документацию.Я смог выяснить, почему мой msi делал то, что делал.
Основным .wxs было отключение Remove со свойством
<Property Id="ARPNOREMOVE" Value="1" />
Поэтому удаление, которое позволило мне удалить изснова панель управления Windows.
Причина, по которой на панели управления отображались 2 записи, заключалась в том, что мы добавляли несколько записей реестра в папку
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\
Есть несколько причинпозади нужны некоторые записи реестра здесь, но, по крайней мере, теперь, когда я знаю, почему я могу обойти их.Надеемся, что в будущем это поможет любому, кто столкнется с проблемой повторяющихся записей из чистой установки.