Вы можете выбрать только некоторые поля, используя:
User
.findOne({_id})
.select("name age")
.then(user => console.log(user)) // { _id: "daa8908908azdza", name: "Jacks", age: 28 }
Обратите внимание, что _id всегда выбран, если вы не хотите его, вы можете явно отменить его выбор:
.select("-_id name age") // { name: "Jacks", age: 28 }